南平市图书馆实行馆长负责制,
总揽全馆业务和行政工作,
下设少儿部、外借部、期刊部、电子阅览室、地方文献古籍部、采编部、办公室七个部室。
南平市图书馆馆长：南平市图书馆馆长，是南平市图书馆法人代表。贯彻执行党的路线、方针、政策，执行国家有关文化事业和公共图书馆的法规，完成上级主管部门布置的工作目标任务；对全馆工作负责，统筹规划全馆行政、业务工作；组织制定本馆工作计划，检查工作成效，总结工作并向上级主管部门提交工作报告；执行国家财政预算，审批各项经费开支；召集主持全馆大会、馆务会议和学术会议；决定图书馆业务和行政管理工作中的重要问题；处理对外事务，协调馆内外的各种关系；决定本馆的人事奖惩。定期考核干部，合理分配部门工作人员；加强职工政治、思想、文化、业务教育，关心职工生活；以身作则，开拓进取、努力学习、勤政廉洁、密切联系群众，带领职工完成全馆工作目标任务。
办公室∶办公室由馆长助理负责,负责贯彻落实南平图书馆工作条例和规章制度，定期检查工作执行情况，及时向馆领导反馈信息；承担文秘工作，负责管理文书档案和会计档案。起草本馆各类文件、上报主管部门的请示函件、报告及年度工作计划和总结；负责处理文书、签发文、打字复印、管理印鉴和介绍信。组织全馆性会议，负责会议记录、催办会议决议；承担人事管理工作，根据馆部决定办理人事任免、录用、离退、调动等事宜。负责管理人事档案，组织干部培训、进行干部考核、办理考勤统计等人事工作；负责具体行政事务管理，编制财务预、决算，安排并监督财务开支；管理房产馆舍、水电设备、固定资产和办公用品并负责维修，保障后勤供应；承担安全保卫工作，负责做好防火、防盗等管理，安排轮值人员，负责检查监督；配合党支部抓好计划生育工作；负责本馆离退休职工的管理工作；负责环境美化、卫生工作，认真检查监督；负责接待来访、参观和有关对外联系事宜；承担编辑工作，负责本馆业务刊物、信息交流简报的编辑、发行工作；负责本馆信息资源建设文字材料编辑及南平市文化信息网文字材料编辑工作。
采编部：担负少儿部和外借部图书采访编目、分类主题标引、目录组织、数据审核、图书加工与分配、联合编目、采编协作等工作。
地方文献古籍部∶担负全馆古籍与地方文献的收集、整理、保管、阅览、研究和修补裱褙工作。设有特藏书库、古籍裱褙室和古籍阅览室，提供古籍和地方文献咨询、检索、阅览、复制、裱褙、修复、装订等服务。
电子阅览室：承担本馆计算机网络的全面管理工作，负责阅览室的开放，负责计算机硬件维护、数据库维护和各种网站维护，为本馆自动化、网络化、数字化建设做好参谋和后勤保障工作；承担全馆局域网建设及各种网络的维护工作；负责音像资料、电子出版物的保管和利用；承担各类型图书馆自动化、网络化、数字化建设的推广、宣传、设计、维护等工作；承担相应的对外电脑教学任务。
期刊部：期刊阅览室位于图书馆综合楼二楼，承担本馆流通领域中文报纸、期刊资料的典藏工作，负责报刊阅览室、报刊库文献资料的入藏、保管、排列、组织、流通、清点、统计与剔除工作；根据流通工作的需要，制定本馆报、刊采购计划；管理报刊阅览室，作好服务工作；开展报刊信息咨询工作；协助开展读者调查研究工作，负责了解读者阅读倾向，收集阅读效果。
外借部：外借阅览室，位于图书馆二楼，外借部负责总馆书库管理、外借出纳、借阅巡视、阅读指导、馆外流通等方面的工作。我馆外借书库以普及性、综合性为主，涉及二十二大类，包括社会科学、自然科学、综合性图书，侧重文学、传记、经济、计算机等类图书的收藏。图书的排架是采用色标的下位类（排至分类法的三级类目）和著者号（仅排它的首数序）混合排架。采用全开架式布局，营造宽松悠闲的浏览借阅环境。实现业务管理自动化，充分利用现代化设施并创造一切便利条件，为读者提供全方位的综合性服务，除图书借阅外，还为读者提供现场检索、网上书目查询、借阅情况查询、数据库检索、网上续借及电话续借等服务项目，满足读者的各种需求。
少儿部：担负少儿书报刊流通、保管以及组织少儿读书活动等工作，有报刊图书阅览、开架图书借阅，为少年儿童和少儿工作者提供个人借阅、集体借阅、预约借阅，阅读指导等多种形式的服务，以及举办少儿书展、书评讲座、演讲比赛、故事会、诗歌朗诵会、放映少儿录像等活动。